皰疹性咽峽炎和手足口病有以下幾個不同：

一發(fā)病位置不同，皰疹性咽峽炎發(fā)病位置，主要在咽峽部位出現(xiàn)皰疹，手足口病發(fā)病位置是在口腔，手、足、臀部通常會有皰疹。

二 發(fā)病風(fēng)險不同，皰疹性咽峽炎一般病情較輕，一到兩周之內(nèi)可以治愈，手足口病發(fā)病兇險一般分為兩種情況，一種跟皰疹性咽峽炎一樣可以治愈，第二種病情較重，可以引起腦干腦炎，腦脊髓膜炎，肺水腫等嚴(yán)重并發(fā)癥甚至死亡。

三 病原體不同，雖然兩種的病原體都是腸道病毒，但是腸道病毒繁多，皰疹性咽峽炎和手足口病，是由不同的腸道病毒引起的，皰疹性咽峽炎，主要是由柯薩奇A族病毒引起，手足口病主要是，柯薩奇A16和腸道病毒71型引起，還有一些其他的腸道病毒，也可以引起手足口病。